民國76年承接全台第一個少女中途之家，種下一顆服務種籽，從服務中發現需要，開展出環環相扣的服務。30多年來，善牧長期關注婦女兒少的議題，致力服務受暴婦幼、不幸少女、棄虐兒、目睹家庭暴力兒童、未婚小媽媽、高危機青少年、中輟生、年輕爸媽、單親家庭、新住民家庭、原住民家庭及人口販運被害人，全台服務據點45處，為台灣婦幼保護工作的先驅。
當時是值台灣少女被賣最嚴重的時期，善牧修女會來台接任少女中途之家，並展開外展服務工作，修女們跑遍花東地區，亦在婦職所及觀護所輔導少女發現遭受性剝削的少女分為：被騙、被賣。在被騙的少女中，有多數為單純的原住民少女，因尋求工作被騙下山，開始被逼賣淫的工作。由於上述的不幸案例屢見不鮮，因此善牧基金會開始著手原住民家庭服務的工作，勤於走訪部落，並成立服務中心。
另外，從被賣的少女中發現到，許多少女來自有家暴狀況的家庭，母親因不堪受虐離家，父親失功能，便將女兒亂倫或賣至色情行業。善牧也因此展開家暴的服務工作，而從家暴的服務經驗中更看到，一個暴力家庭的背後隱藏著許多危機，因此除了受到家暴的婦女之外，接著推展出受暴兒童、目睹暴力兒童、單親家庭及新住民家庭等的服務工作，積極防治從家暴衍生出來的諸多危機。
在少女中，善牧亦發現到青少年價值觀的扭曲以及家庭問題，也是造成此類少女增多重要因素，因此開始了街頭兒少、危機兒少及高風險青少年的服務工作，而後更成立了中輟學園，防範及輔導青少年在輟學時所衍生的吸毒、未婚懷孕、犯罪等各項問題。
也因為早期少女遭販賣的問題，讓善牧長年關注人口販運議題，除在國內外進行相關推廣工作，亦接受政府委託，成立人口販運被害人的收容安置工作。
